荷花是古老的双子叶植物之一，同时又具有单子叶植物的某些特征。

荷花的胚芽被鳞片包裹着，和单子叶植物相似。从花的结构看，荷花具有3、4层花被，外轮萼片状，内轮花瓣状，雄蕊多数，雌蕊离生，花粉粒为单沟舟形。莲的茎有明显的分节现象，地下茎节长满须根。这些都是单子叶植物的特征。

荷花的芽为混合芽，人们所见的莲芽，是藕的顶芽以及各节腋芽的位置。根分为种子根和不定根两种，播种所出的由种子的胚根所形成的主根不发达，发挥功能作用的是不定根。

荷花的茎就是藕，是荷花的地下根状茎，是荷花储藏养份和供繁殖的器官。荷花的花单生，两性，由花萼、花冠、雄蕊群、雌蕊群、花托、花柄等六部分组成。品种多样，花色丰富。

荷花为窃根水生花卉。藕是荷花横生于淤泥中的肥大地下茎。藕的横断面有许多大小不一的孔道，这是荷花为适应水中生活形成的气腔。此种气腔在叶柄、花梗里同样可以见到。 在茎上还有许多细小的运输水分的导管，导管壁上附有增厚的粘液状的木质纤维素。它具有一定的弹性，当折断拉长时，使出现许多白色相连的藕丝。老藕的丝尤多于微藕。

种藕的顶芽叫"藕苫"，被鳞片包着。荷花苗萌发后抽出白嫩细长的地下茎，称为 "藕带"。藕带分节，节的周围环生不定根。节上抽叶和花。从藕带先端形成的新藕叫主藕，旺盛者有4～7节藕筒，简长10～25厘米，直径约6～12厘米。

主藕上分出支藕叫子藕；从子藕再长出的小葱称孙藕，常仅1节。藕的大小、形态、色泽、生藕的迟早、入泥深浅、品质风味等，均因品种而异，又受栽培和条件的影响。