荷花茎中有许多通气孔，与根、叶、花相连，形成一个通气系统，这也是水生蔬菜的结构特点。在折断时有许多丝状物相连，这是带状螺旋导管及管胞的次生壁抽长而成的，这些并行排列由带状旋体构成的组织，在叶柄和花柄上也有，但在藕及莲鞭上较长，相边不断，故称“藕断丝连”。莲藕地下茎各节均发生不定根，从表土20-30厘米的土层中吸收营养。从种藕到长出莲鞭1-2节的这段时间根群较短而细弱。出现了立叶之后，其以后各节以上的根群就较长而粗。根群对莲藕营养的吸收和植株的固定起着重要的作用。如果根系不断地被移动或被踏伤，藕的生长和形状都要受到影响。

  莲鞭长到六至十余节后，随着保定荷花苗荷叶的增加，所制造的碳水化合物相应增多，加上来自根部吸收来的营养物质均流向顶端，顶端各节便膨大成为新藕。藕的藕一般3-5节，也有7-8节，先端一节称为藕头，中间几节称为主藕，尾端一节称为藕梢。一般藕梢品质较次，早熟藕如延迟收获，藕梢常有干缩现象。主藕的侧芽可长子藕，子藕的侧芽还可膨大成为孙藕。

  有人认为“藕”是荷花的根，其实不然，那藕是荷花的茎，不过它是变形态的根状茎。荷花真正的根长在藕的节上。供食用的部分称为藕，是莲藕的变形态茎。茎先端为喙状物，是由鳞片包住的，其中由顶芽、幼叶和侧芽组成，称为藕苫；嫩叶向上延伸，浮出水面，展开了为荷叶，顶芽及副芽在泥中横向生长，称莲鞭。有的节位上还有分化出来的花芽。

  根据《我国荷花品种图志》的分类标准共分为3系、50群、23类及28组。A.我国莲系；B.美国莲系：III、大中花群：i.单瓣类单瓣黄莲组C.中美混交种莲系IV.大中花群：j.单瓣类：混交种单瓣红莲组；混交种单瓣粉莲组；混交种单瓣黄莲组；混交种单瓣复色莲组k.复瓣类：混交种复瓣白莲组；混交种复瓣黄莲组V.小花群：l.单瓣类：混交种单瓣黄碗莲组；m.复瓣类：混交种复瓣白碗莲组。